ლაგოდეხის მუნიციპალიტეტის ტერიტორია 1917 წლამდე თბილისის გუბერნიიის სიღნაღის მაზრაში შედიოდა. 1921 წლიდან საქართველოს სსრ ადმინისტრაციულ - ტერიტორიული დაყოფით სიღნაღის მაზრაში, 1930 წლიდან დამოუკიდებელი რაიონია.

თანამედროვე ლაგოდეხი უძველესი ისტორიული ტერიტორიის ადგილას აღმოცენდა, რომელიც ჯერ ალბანთა ქვეყნის შემადგენლობაში შედიოდა, შემდეგ ჰერეთის ადრეფეოდალური ხანის ქართულ სახელმწიფოებრივ ერთეულში, შემდეგ კი დამოუკიდებელ ფეოდალურ სამთავროდ ჩამოყალიბდა. მოგვიანებით რანთა და კახთა სამეფოს შემადგენლობაშია, ხოლო შემდეგ კახეთის სამეფოსთან ერთად ერთიანი ფეოდალური საქართველოს ორგანული ნაწილია.

ლაგოდეხის სახელწოდება პირველად მოიხსენიება ჯუანშერის მატეანეში » ცხოვრება და მოქალაქეობა ვახტანგგორგასალისა », რომელშიც დამოწმებულია ტოპონიმი « ლაკუასტი », ანუ « ლაკვასტი » ( ფუძე –« ლაკვა »_ სულხან საბას განმარტებით წყლიან ადგილს ნიშნავს) .

ლაკუასტის სახელით ცნობილია ციხე - სიმაგრე, რომლის ფრაგმენტიც ქალაქ ლაგოდეხში ყაზბეგის ქუჩაზეა შემორჩენილი. ისტორიული წყაროები ლაკუასტის ციხეს მეფე არჩილის (668-718) სახელს უკავშირებენ. ასევე ცნობილია, ის ფაქტიც, რომ VII საუკუნეში, ლაგოდეხის ბუნების სილამაზით მოხიბლულმა მეფე არჩილმა ააგო საზაფხულო რეზიდენცია « მაჭის ციხე » ( თოღა) , რომელიც მდებარეობს მდ. მაწიმისწყლისა და ბნელი ხევის შესართავთან, ლაგოდეხის სახელმწიფო ნაკრძალის ტერიტორიაზე.

თვით ტოპონიმი « ლაგოდეხი » უფრო გვიან მე XI- ს - ში გვხვდება და XIX საუკუნის დასაწყისისთვის საბოლოოდ მკვიდრდება. 1831 წელს აქ დაარსდა სამხედრო დასახლება ამავე სახელწოდებით, რომელიც 1857 წელს სამოქალაქო დასახლებად გადაკეთდა. იმავე წლიდან საფუძველი ჩაეყარა დაბას, სადაც თანდათანობით ჩასახლდა ქართული მოსახლეობა.