მარტვილის მონასტერი დაარსებულია VI-VII სს-თა მიჯნაზე. გადმოცემით, აქ წარმართები თავიანთ კერპს - ჭყონდიდს (დიდი მუხა) დედისერთა ჩვილ-ბავშვებს სწირავდნენ მსხვერპლად. მარტვილის ტრაპეზი სწორედ ამ მუხის ძირზეა დადგმული, რომელიც დასავლეთ საქართველოს მოქცევისას ანდრია პირველწოდებულმა სასწაულებრივად მოკვეთა. დიუბუა დე მონპერეს აზრით, დღევანდელი ტაძრის კედლებში ჩატანებულია მანამდე აქ მდგარი საკერპო სალოცავის ზოგიერთი ნაშთი. VI-VII სს-ში, როდესაც აქ მოწამეთა (მარტვილთა) ეკლესია ააგეს და მონასტერი გაშენდა, მას მარტვილი ეწოდა. საეპისკოპოსო კათედრას ჭყონდიდის სახელი შერჩა.
X ს-ში აფხაზთა მეფე გიორგი II-მ აღადგინა ტაძარი: „შექმნა საეპისკოპოსოდ და განაშენა იგი ნაწილთა სიმრავლითა წმიდათა მარტჳლთათა“. ამის შემდეგ მარტვილის ტაძარი იყო განთქმული და „წარჩინებული სამღველთ-მოძღვრო საყდართა შორის სამეფოსა“.
ღირსი გიორგი ჭყონდიდელი (XII). ბაგრატ IV-ის მეფობაში (1027-1072) ჭყონდიდის ტაძარი უპირველესად იყო მიჩნეული. შემთხვევითი არაა, რომ საქართველოში ჩამოსულ გიორგი მთაწმინდელს მეფემ ჭყონდიდის კათედრა შესთავაზა. ბაგრატ IV-მ აქ ინება საუკუნო განსასვენებელი.
ჭყონდიდელი ძველ საქართველოში განსაკუთრებული პატივით სარგებლობდა. გარკვეული პერიოდი ის მწიგნობართუხუცესობასაც ითავსებდა. აქაური მღვდელმთავრები „ჭყონდიდელ-მწიგნობართუხუცესად და ვაზირთა ყოველთა უპირველესად“ იწოდებოდნენ. ისინი ხშირად სამეფო კარის საპასუხისმგებლო დავალებებს ასრულებდნენ. მაგალითად, სვიმონ ჭყონდიდელ-ბედიელ-ალავერდელი დავით აღმაშენებლმა ანისის გამგებლადაც კი დაადგინა, რუსუდანის დავალებჲთ არსენ ჭყონდიდელი ბათოს კარზე გაგზავნა და სხვ.
მარტვილის მონასტერი კულტურულ-საგანმანათლებლო კერა იყო. აქ მოღვაწობდნენ ცნობილი მწიგნობარნი: იოანე მინჩხი - ჰიმნოგრაფი (X ს.), სტეფანე სანანოისძე (X ს.), გიორგი ჭყონდიდელი (XI ს.), იოანე მთავარეპისკოპოსი (XI ს.), იოანე მესვეტე (XI ს.), წმ. მღვდელმთავარი ანტონ ცაგარელ-ჭყონდიდელი (XVIII-XIX სს.), რომანოზ მესვეტე (XIX ს.), დავით ჭყონდიდელი (XIX ს.), გიორგი ჭყონდიდელი (XIX ს.) და სხვ.
მონასტერში იყო კრიპტერია - გადამწერ ბერთა სამყოფი. ითარგმნებოდა წიგნები, იქმნებოდა ორიგინალური ნაწარმოებები.
აქ მოღვაწეობდა დავით აღმაშენებლის აღმზრდელი და ერთგული მოკავშირე გიორგი ჭყონდიდელ-მწიგნობართუხუცესი. ჭყონდიდლად იწოდებოდა თამარის დროის ცნობილი მოღვაწე ანტონ გლონისთავისძეც.