რუისთან დაკავშირებულია ფეოდალური ხანის საქართველოს არა ერთი მნიშვნელოვანი პოლიტიკური მოვლენა. რუისის ღვთისმშობლის ეკლესიაში ქართლის მეფედ აკურთხეს გიორგი II (1072-1083 წწ.). ამ დროს რუისი ქართლის დედაქალაქის როლს ასრულებდა. 1104 წელს მეფე დავით IV აღმაშენებლის (1089-1125 წწ.) თაოსნობით მოწვეულ იქნა რუის-ურბნისის საეკლესიო კრება – "სანახებდა ქართლისათა მახლობლათ ორთა საეპისკოპოთა რუისისათა და ურბნისისათა". რუისის საეპისკოპოსო წარმოადგენდა ფეოდალური საქართველოს მძლავრ კულტურულ-საგანმანათლებლო კერას. აქ მოღვაწეობდნენ ანტონ მროველი (IX-X სს.), ლეონტი მროველი (XII-XIII სს.), დიონისე ლარაძე (XVI ს.), დომენტი ავალიშვილი (XVI-XVII სს.), ნიკოლოზ ორბელიანი (1672-1732 წწ.), იონა გედევანიშვილი (1737-1821 წწ.), და სხვა. აქ იყო დიდი წიგნთსაცავი, სადაც ინახებოდა ბევრი ხელნაწერი. მათგან განსაკუთრებული მნიშვნელობისაა რუისის სახარება (XI ს.).

      გადმოცემით რუისის ტაძარი აუგია ვახტანგ გორგასალს (გარდ. 503 წ.). ამ ხანის ნაგებობას არ მოუღწევია. ეკლესიაზე გაირჩევა რამდენიმე სამშენებლო ფენა. უძველესი VIII-IX სს. მიეკუთვნება. X საუკუნეში ეკლესია საფუძვლიანად შეუკეთებიათ. XI ს-ში გიორგი ეპისკოპოსს იგი კვლავ განაუხლებია და მდიდრულად მოურთავს, რაზეც მეტყველებს ჩრდილოეთ კარიბჭის აფსიდის კონქის ქუსლთან არსებული ორსტრიქონიანი ასომთავრული წარწერა: "ქრისტე შეიწყალე სული გიორგი ეპისკოპოსისა ამინ"; წარწერის ბოლოში მიწერილია: "მარიამ დედოფლისა" (ეს უნდა იყოს მეფე ბაგრატ IV-ის დედა, რომელიც ბაგრატის გამეფებამდე განაგებდა ქვეყანას). საეპისკოპოსო კათედრას დახმარებას უწევდა თამარ მეფის დედა ბურდუხან დედოფალი: "ზრუვა და საურავი ხელყო დედოფალსა ბურდუხანს". თემურლენგის შემოსევების დროს ეკლესია ძლიერ დაზიანებულა. დასავლეთ ფასადის წარწერის თანახმად ეკლესია აღუდგენია მეფე ალექსანდრე I-ს (1412-1442 წწ.). "ქ ზე ადიდენ ღმერთმან მეფითა-მეფობა დიდისა ალექსანდრესი – რომლისა მიერ კვალად აღეშენა საყდარი ესე, ადიდენ ღმერთმან და სული მათი კურთხეულ ყოს". ეკლესიის სამხრეთ ფასადის წარწერაში კი მოხსენიებულია შემკეთებელი ოსტატი: "კალატოზმა ზედა მომგესა შალვას შეუნდენ ღმერთმან, ამინ". XVI საუკუნეში ეკლესია კვლავ აღუდგენია მროველ ეპისკოპოსს დიონისე ლარაძეს, ხოლო XVII ს-ში განუახლებია და შეუმკია მარიამ დედოფალს, როსტომ მეფის (1632-1758 წწ.) მეუღლეს. XVIII საუკუნეში მროველი ეპისკოპოსის სამწყსო საკმაოდ დიდ ტერიტორიას მოიცავდა. ვახუშტი ბაგრატიონი წერს: "ზის ეპისკოპოზი, მწყემსი ამ რუისა ზეითის ქართლისა, ლიხ-ტაშისკარამდე. და აწ ისევ მწყსის ხეობასა და სადგერს"... რუისის ეპარქიის იმ ხანის ეკონომიკაზე საინტერესო ცნობებს იძლევა რუისის მღვდელმთავრის ნიკოლოზ ორბელიანის მიერ 1715 წ. შედგენილი "სამწყსოს დავთარი". 1803 წ. რუისის ეპარქია გაუქმდა.